Masseria Pantano, Foggia

Menschliche Siedlungen auf dem Gemeindegebiet der Stadt sind bereits in der Jungsteinzeit nachweisbar. Ein britischer R.A.F.-Beobachteroffizier, J. B. Bradford, entdeckte bei der Untersuchung von Luftaufnahmen, die während des Zweiten Weltkriegs gemacht wurden, dass das Gemeindegebiet der Stadt Teil des größten neolithischen Dorfes und eines der ältesten Europas war. Die Bewohner betrieben dort Landwirtschaft, die aus dem fernen Nahen Osten über die Provinz Foggia auf die italienische Halbinsel gelangte, begünstigt durch die Fruchtbarkeit und Regelmäßigkeit des Tavoliere. Nur ein kleiner Teil der identifizierten Siedlungen wurde zum Standort des archäologischen Parks am Passo di Corvo, einem der wenigen neolithischen Parks in Italien. Weitere wichtige Funde aus derselben Zeit wurden im Stadtzentrum, im Bereich der Villa Comunale, dem ehemaligen Hippodrom, und in der Ortschaft Pantano, zwischen den Stadtteilen Ordona Sud, San Lorenzo und Salice Nuovo, entdeckt. In der Ortschaft Arpinova wurden Siedlungen der antiken Stadt Arpi gefunden, wie das Hypogäum der Medusa, das Hypogäum der Ritter und die Nekropole. Arpi war eine große und bedeutende daunische Stadt, gegründet von Diomedes, dem König von Ätolien, sehr groß und bevölkert, mit Tausenden von Soldaten, reich und stark auch aufgrund ihrer geografischen Lage, dem Wohlstand ihrer Landwirtschaft und dem intensiven Handel, den sie mit den benachbarten Städten und jenseits der Adria betrieb, dank der daunischen Häfen von Siponto und Salapia.

Der heutige Stadtkern von Foggia entstand nach dem Jahr 1000 aus den Überresten von Arpi und nach der normannischen Eroberung. Der Überlieferung zufolge ist die Entstehung des heutigen Stadtzentrums darauf zurückzuführen, dass einige Hirten am 13. August 1073 in einem Wasserbecken eine Tafel mit der Darstellung der Jungfrau Maria entdeckten, auf der drei kleine Flammen brannten, vor denen ein Ochse niederkniete. Früher gab es an der Stelle, an der sich heute die Stadt befindet, nur eine Taverne, in der die Hirten ihre Tiere tränkten, die "Taverna del Gufo". Obwohl das genaue Jahr der Entstehung der heutigen Altstadt nicht mit Sicherheit angegeben werden kann, kann man sagen, dass sie nicht vor 1066 und nicht vor 1100 entstanden ist, da in der Bulle, in der Papst Alexander II. die Kirchen der trojanischen Gerichtsbarkeit auflistet, keine Hinweise auf Kirchen an diesem Ort zu finden sind, aber in der Bulle von Papst Paschal II. aus dem Jahr 1100 wird die Kirche Sancta Maria de Focis erwähnt. Die Ikone wird noch heute in der Kapelle rechts neben dem Hochaltar der Stadtkathedrale aufbewahrt.

Das Gebiet war sumpfig und malariaverseucht, und es dauerte bis zur normannischen Herrschaft, bis sich die Umweltbedingungen verbesserten. Insbesondere Robert Guiscard ließ ein großes Sumpfgebiet urbar machen, was der jungen Stadt einen beträchtlichen wirtschaftlichen und zivilen Aufschwung bescherte, der sich unter Wilhelm dem Guten fortsetzte, der zwischen 1172 und 1179 die Kathedrale im romanischen Stil errichten ließ und die Stadt vergrößerte.